1945年

6月2日 与苏联远东第二方面军总司令部普尔卡耶夫将军会见，研究教导旅回东北建立和恢复工作基础等问题。

7月下旬 开始派抗联教导旅指战员160人到苏联第一方面军、80人到第二方面军，100人到到后贝加尔湖方面军，作为苏军进入东北的先头部队，并和苏军一起进行军事演习训练。

7月 主持召开东北党委会改组会议，组成新的东北党委员会，任书记。决定设立东北11个地区委员会。东北党委员会设在长春，领导全东北的工作。

8月10日 东北抗联教导旅召开动员大会，周保中做题为《配合苏军作战，消灭日本关东军，争取抗日战争最后胜利》的动员报告。

8月中旬 召开东北党委会议，确定当前斗争方针，占领东北57座大中小城市，重建各地党组织，发展人民武装，迎接八路军和新四军挺进东北。

9月初 组织东北抗联教导旅主力330人乘飞机分批从苏联返回东北。

9月8日 抵达长春，以苏联红军长春警备司令部副司令的身份，指示各抗联指战员以卫戍副司令的职权，接管东北各城市和抗战胜利果实。

9月25日 在沈阳向中共中央东北局彭真、陈云等领导汇报东北抗日和当前主要工作任务，并移交组织关系。

11月4日 中共中央决定东北人民自治军成立，任副司令员。东北人民自卫军（抗联）统一编入东北人民自治军，标志东北抗联完成历史使命。

12月下旬 在永吉县岔路河召开吉林人民代表大会，当选为吉林省主席。

1946年

1月4日 东北人民自治军改为东北民主联军，任副总司令员兼东满军区（吉林军区）司令员。

3月31日 被党中央任命为东北民主联军攻占长春的总指挥。并在磐石主持召开省委会，研究部署攻打长春方案。

4月14—18日 在苏军撤出长春后，指挥民主联军第七师和东满军区等部队，向长春发起进攻，经四昼夜激战，解放长春，歼敌2万余人。

8月7—15日 赴哈尔滨参加东北各省代表联席会议，在会上代表抗联致词。会议通过东北各省市民主政府施政纲领，成立东北各省行政委员会，被选为东北行政委员会常委。

1947年

5月13日—6月30日 在夏季攻势中，率部配合民主联军主力，先后解放了桦甸、伊通、双阳、磐石、九台、德惠、农安等广大地区。

1948年

1月1日 东北民主联军改称东北人民解放军，东北民主联军总部改称东北军区，任东北军区副司令员。

10月 被围困长春的10万国民党部队分别起义或投诚，做起义部队的接管工作。

11月1日 中央军委颁布《关于统一全军编制及部队番号的规定》，改吉林军区为省委军事部，不再在省军事部任军职，专任吉林省人民政府主席。