1898年（清光绪二十四年）签订的《东省铁路续订合同》第四款规定：“并准公司在此 路经过地方，开采、建造、经理铁路需要之煤矿，计斤纳税，由总监工或其代办与地方官共 同酌定”。同一年，俄国方面即据此与吉林将军延茂，签订了《考查煤苗开采煤斤合同》， 但并未实施。庚子事变后，俄国依仗驻军未撤，于1901年（清光绪二十七年）1月14日，由东 省铁路公司代表达聂尔与吉林将军长顺，签订了《改订吉林开采煤斤合同》。
　　　　新合同共12条，其要害在第二条。该条规定，“采挖煤苗、开挖煤斤，铁路公司有独擅 之权，先于他项公司、他项人等采挖、开挖。其独擅之权，如煤在铁路两旁各三十里之内， 或华人，或洋人，或华洋同办人欲行开采，无铁路应允，均不得准行。铁路两旁各三十里外 ，如华人请办煤斤，由将军主持，不必知照铁路公司；各洋人或他项公司，或华洋人同办， 均须知照铁路公司，公司覆称不用该处，始可允准”。这一规定使中国完全丧失了吉林省境 内煤矿开采权。合同上报后，清外务部拒绝批准。1902年（清光绪二十八年）1月14日，达聂 尔又与黑龙江将军萨保，以吉林合同为蓝本，签订了《黑龙江开挖煤斤合同》。黑龙江合同 除在第11条中加入“不兼涉一切别项矿产”外，均与吉林合同相同，因此也被外务部驳回， 命黑龙江将军衙门另行妥议。俄国方面不理会清外务部的拒绝，便以与地方官新订合同为依 据，强行开采铁路沿线煤矿。在短短的时间内，西部的扎赉诺尔、察汗敖拉、太平山、发别 拉、东部的乌吉密、一面坡、杉松岗、官街等地的煤矿，为俄人所占。
　　　　中东铁路正式通车后，煤的需要量猛增，铁路方面加速了对煤炭的开采。吉、黑两省当 局一再要求清廷外务部，及早与俄方举行谈判，以便制止俄人的滥采。1907年（清光绪三十 三年），外务部派宋小濂、杜学瀛在哈尔滨就地与铁路公司举行一揽子会谈。双方在就购地 、伐木问题达成协议的同时，也就采煤问题举行会谈，并于1907年8月30日，签订了《吉林铁 路煤矿章程》和《黑龙江铁路煤矿合同》。章程与合同均为12条，内容大体相同。与旧合同 相比，中国收回一些权益。如新合同规定：“其线路三十里以外，与该公司无涉，无论华洋 人等，勘挖煤矿准否，应由华官自主，该公司不得过问。〔公司〕欲在三十里外勘挖煤矿， 仍须先禀准本省巡抚，方可施行，亦与各项华洋人等无异”。另外，旧合同规定每千华斤只 纳税银8分，新合同增至1钱2分①（①王彦威纂辑《清季外交史料》书目文献出版社1987年版 ）。
　　　　新合同争回的权益极小，损失仍很大。消息传出后，立即引起吉、江两省商民的反对。 9月14日，哈尔滨的华商联名电请清廷外务部，不予批准，另行改议。其时，清廷外务部早已 于8月30日电令谈判代表签字的同时，函复俄国公使了。
　　　　虽然签订了合同，但中东铁路方面并不遵守。1908年（清光绪三十四年）秋，布特哈总 管纯德召集商股，开采距朱家坎不足10公里的一个煤矿。这完全符合合同的第2条规定，但铁 路得知该地煤质好、煤层厚时，便于1909年（清宣统元年）9月，运来10台大钻机，不顾华商 的反对，强行在中国已开各坑口之间开钻。类似情况在察汗敖拉附近也发生过。1910年（清 宣统二年）5月5日，中东铁路方面派出工程技术人员和工人及士兵，在中国已开坑口附近， 搭起帐篷，准备开钻。地方官员与中东铁路方面几经交涉无效后，上报清廷外务部。后经外 务部与俄国驻华公使据约交涉，铁路方面不得已才撤出工程技术人员。
　　　　中东铁路方面不仅任意侵占矿山，在缴纳煤税上也不执行合同有关条款的规定。扎赉诺 尔是西线最大的煤矿，但所纳煤税太轻，与商务部规定的税率不合，而且隐瞒产量，借以逃 税。1907年（清光绪三十三年），清政府命令黑龙江地方当局派员与中东铁路方面交涉。黑 龙江方面先后派宋小濂、于驷兴与铁路方面代表谈判。中东铁路方面借故推诿，进展极慢。 同年12月21日，东北地方当局以东三省总督徐世昌和黑龙江巡抚程德全的名义，照会中东铁 路公司，要求申报该矿历年煤炭产量，不得隐瞒，并派候选知府左鸣玉为驻矿委员负责驻矿 征税事项。经左鸣玉入矿调查，该矿每日出煤2100罐，每罐约24普特（约合720华斤）。但是 1907年一年帐上只记100万普特，相当于该矿1908年1个月的产量。1908年3月24日申报的历年 产量为：1903年797425普特，1904年12207087普特，1905年23551162普特，1906年25107401 普特，一时根本无法核实。黑龙江铁路交涉总局总办于驷兴命令左鸣玉先收缴1908年第一季 度税款。按合同第2条规定，每千斤应纳税银1钱2分，每月产量按4500万斤计算，尚可收款5 400两。1908年该矿原报一月份产量为132万普特，2月份上报数为120万普特。后来又改为10 8万，再改为107万、105万。每罐的数量第一次申报为26普特，半个月后，又减报为22普特。 5月18日，检查人员又发现该矿擅改帐目，而且一改再改，仅1905年的报表数，就差700万普 特之多。6月5日，黑龙江当局下令催征1903至1905年三年的煤税，总额为134952两。铁路公 司代表达聂尔又提出新合同签订以前应按旧合同的税率缴纳，即按每千斤税银8分计算，应缴 税总额为89000两，加上1907年应缴57093．72两，几年合计也有147061．99两。这样，黑龙 江省又少收入税银4万多两，从1907年8月17日以后，才按新税率增收。