《御敌互相援助条约》（即《中俄密约》）第五条规定，俄国在援引第一条的规定“御 敌”时，可利用东省铁路运送军队、粮食和武器装备。但除了因运转暂停以外，军队不得借 他故停留。《合办东省铁路公司合同》第八款对铁路的安全保卫工作，也明确规定为“中国 政府承认设法保护东省铁路及其执行人员的安全，使不受一切方面之攻击”。甚至连俄国自 己制订的《东省铁路公司章程》中，也只提出“由铁路公司派警察人员”，而未提及驻军一 项。但俄国政府自筑路开始，便筹组建立了以护路为名、行军事占领之实的正规部队。1900 年的（清光绪二十六年）总兵力为步兵8个中队，约2000人；骑兵19个中队，人数为2527人。 “庚子事件”发生后，俄皇借机将护路军扩充至11000人。
　　　　1901年（清光绪二十七年）以后，俄国为了长期霸占中国东北，不但不撤退其正规陆军 ，而且为了一旦撤军达成协议，大批俄军撤退以后它也能保持足够的兵力，因之，把原来的 护路队改编为外阿穆尔军团，统编为4个旅，司令部设于哈尔滨南岗大直街（今铁路卫校东旧 楼），共辖有55个步兵中队，55个骑兵中队，25个士官教导队，总兵力达到25000人。
　　　　“日俄战争”俄国战败后，日俄双方对各自在铁路界内的驻军，做了相应的限制。最初 规定每公里15名，后又增至25名。因此俄国政府不得不减少它于日俄战争时期大大增加的边 防军总数。于1907年（清光绪三十三年）整编为4个旅，总兵力仍保持“日俄战争”前的数目 ，约为25000人左右。
　　　　1910年（清宣统二年）2月4日，俄国外阿穆尔边防军改为公开的正规军编制，下辖60个 步兵连、36个骑兵连、6个机枪连、7个教导队和4个工兵营，共有各级军官586人，士兵2111 0人。在俄国正规的陆军编制上，这支护路军被称为“西伯利亚第15联队”。同年12月，该联 队再度改编为3个旅：第一旅部驻横道河子；第二旅部驻哈尔滨；第三旅部驻博克图。
　　　　除上述护路军以外，俄国在1903年（清光绪二十九年）中东铁路通车前夕，还组建了一 个后阿穆尔护路旅（亦称阿穆尔铁道兵团）。它是一个技术兵种，任务是保障中东路的正常 运行，在紧急状态下，也担当守卫铁路的任务。该旅共有6个中队，每个中队的人数为325人 。此外还有一个教导营，实际上是一个培养铁路技、职人才的专门学校。这个旅原隶属于伊 尔库茨克军区。1904年（清光绪三十年）日俄战争时期，划归中东路直辖。俄国政府依靠这 两支军队维持它对中东路的统治。对此，清政府曾多次提出抗议。但俄国政府借口《东省铁 路合同》第五条“至于经理铁路等事需用华洋人役，皆准该公司因便觅雇”等语，竟宣称俄 国派驻的护路军，属于铁路公司雇用的外国雇员，和警察一样，是负责保护铁路及员工的。 为了避免清政府的抗议，最初成立的护路队，着用俄国陆军的军服，但拆去了领章；骑兵均 为哥萨克装束，帽子及领章上却绣有龙图案，以取悦清政府及避免西方国家的指责。
　　　　俄国护路军分散在铁路沿线各地，俄国士兵和下级军官，在各地犯下了许多罪行。他们 抢劫中国居民的耕牛、粮食，或只给少许俄钞，便掠走大量财物，甚至强奸妇女，伤害人命 。以西线为例，1905年（光绪三十一年）5、6、7三个月中，仅富拉尔基铁路交涉分局辖境内 ，俄兵犯案就有20多起。索布勒罕屯5月份先后5次被俄军抢掠，抢去粮食34石，耕牛7头，6 月份又被抢3次。额里音索克屯一次被抢走耕牛47头①（①黑龙江省档案馆27－Ⅰ－220号。 ）。其中5月份内，到富拉尔基铁路交涉分局告状的受害中国居民就有9起之多。中方向俄方 交涉，俄方谎称都是华人翻译唆使俄兵所为，罪犯逃走，待抓获后，即行解送，最后均不了 了之②（②黑龙江省档案馆27－Ⅰ－849号。）。
　　　　1917年11月，俄国十月革命后。哈尔滨的俄国人，特别是俄国军队，也分裂为两派。这 时，指挥护路军的大权已不全在铁路局长霍尔瓦特手中，由于俄军没有统一的指挥，盗匪四 起，哈尔滨秩序大乱。
　　　　11月10日，吉林督军孟恩远、省长郭宗熙致函霍尔瓦特，要求准许中国派兵进驻哈尔滨 ，维护地方治安，遭到霍尔瓦特的拒绝。11月13日，中方不顾霍尔瓦特反对，派出滨江县警 备队进入哈尔滨道里及车站等地巡逻。14日，更调陆军一个营进入哈尔滨协防。
　　　　11月26日，一群俄国匪徒袭击了在哈尔滨的日本三井物产洋行。28日，日本驻哈尔滨总 领事佐藤尚武，代表领事团照会霍尔瓦特，要求限制工兵苏维埃的活动。声称：“为了保护 日本侨民的利益，日本有权调动军队”，并于12月3日，发给日侨武器，组织自卫团。12月4 日，霍尔瓦特地位不稳，向滨江县知事张南钧求救。张南钧当日派兵进驻中东路机关，并在 哈尔滨的南岗巡逻。12月5日，英国驻华公使宋尔典，敦促中国外交部派兵进驻哈尔滨，维护 哈尔滨和中东路附属地的治安。
　　　　12月7日，北京政府召开紧急会议，决定派兵进驻中东路。当日，吉林督军派团长么佩珍 带领两个营和一部分军校学生进驻中东路，滨江县也加派出了警备队。但局势并未好转。12 月12日，哈尔滨俄国工兵苏维埃发表公告，宣布在哈尔滨的俄国“所有国家及公共机关均受 本委员会管辖”。霍尔瓦特不得已在当天通告各国驻哈尔滨的领事，表示已无力保护外国人 的生命财产。这一情况促使吉林督军孟恩远，在12月13日，增派旅长陶祥贵率吉林混成第3旅 的3个营进入哈尔滨。同日，滨江道尹施昭常以交涉员名义会晤各国领事，筹划共同反对俄国 工兵苏维埃。12月14日，俄国哈尔滨工兵苏维埃军事委员会又发布命令，撤销霍尔瓦特等人 的职务，并任命斯拉文为主持中东路政治与外交事宜的委员。中国吉林地方当局认为，全面 收回中东路护路权的时机已经成熟。12月17日，下令在哈尔滨成立中东铁路警备司令部，任 命陶祥贵为司令，么佩珍为副司令，高士宾为会办，张南钧为军法处长，负责中东路哈长、 哈绥区的治安防范事宜。
　　　　黑龙江省方面，派炮兵三营驻防哈尔滨江北，以增强哈尔滨的兵力。同时，命黑龙江边 防军进入中东路哈尔滨至满洲里区接防。黑龙江省方面于1918年2月7日，成立了中东铁路临 时警备总司令部，黑龙江督军鲍贵卿任命张焕相为总司令，负责由哈尔滨至满洲里区治安。
　　　　12月18日，哈尔滨市俄国工兵苏维埃下令缉拿霍尔瓦特等人，中国地方当局遂与霍尔瓦 特共同筹划对策。当日双方决定，遣散由留金领导的布尔什维克军队。12月19日，当留金派 阿尔古斯等人到道里俄国商人俱乐部接收时，即被中国军队逮捕。
　　　　12月20日，北京政府外交总长陆征祥照会俄国驻华公使，宣布中国将以实力支持霍尔瓦 特。同时派总统府顾问颜世清，咨议员龚北居赴哈尔滨协助筹划方略。12月25日，双方达成 协议，确定了驱逐留金部队的5项办法。要点有中国护路军司令部与中东路俄国官员共同负责 维护哈尔滨治安；原俄国护路军的武器由中国军队收容管理；俄军被遣送出境后，俄军所有 的营房，由中国军队使用。
　　　　12月26日，中国军队包围了位于哈尔滨南岗教化街与护军街之间的俄军米利斯军营，解 除了留金领导的559和618两个大队的武装，以及在南岗市场和西大桥俄军的武装。第二天， 驻富拉尔基、博克图、碾子山、扎兰屯等地的俄军，发生哗变。但到29日也都先后被中国军 队解除武装。富拉尔基与扎兰屯两地被遣送出境的俄军共913人，中国收缴枪支1090支。哈尔 滨方面，留金本人及其领导的军队共4000人，均经满洲里遣送出境。12月29口，吉林哈尔滨 铁路交涉总局总办施昭常，照会中东铁路局，宣布自即日起，中国军队正式调驻铁路界内， 维持地方治安，保护中外居民生命财产的安全。
　　　　中国北京政府此次接管很不彻底。霍尔瓦特手中仍然有一部分忠于他的军队。外阿穆尔 军区司令部，阿穆尔铁道旅仍然存在。霍尔瓦特仍有一定力量，并企图随时夺回护路权。仅 仅几天以后，即1918年1月5日，霍尔瓦特就命令原护路军司令沙摩依洛夫，召募蒙古兵3000 人。中国当局得知这一消息后，将蒙兵强行解散，遣送回籍。3月5日，霍尔瓦特又召募华兵 3000人，也被哈尔滨警备司令部解散。同年5月，霍尔瓦特又在沿铁路线分设5个护路军司令 部，招兵买马，再次企图建立护路军，也遭到中国地方当局的坚决反对。
　　　　同年8月，为了反对俄国的革命，协约国中以日本为首的英、美、法、意、俄、中等7国 ，组成干涉军，进入西伯利亚。同时筹划对中东路实行国际共管。由于各国之间的矛盾重重 ，直到1919年3月17日，国际监管中东路的协议才正式公布。但护路问题直到4月14日才最后 解决，各国同意由中国军队驻防中东路全线，并否决了日本代表提出的由各国分区护路的主 张。5月15日，中东铁路公司督办郭宗熙通知中东铁路管理局霍尔瓦特，按照协约国军事会议 的决议，保护中东铁路事宜，已交给中国办理。
　　　　7月1日，东线护路军司令部成立。稍后，西线的司令部也宣告成立。8月11日，大总统徐 世昌，特派吉林省长鲍贵卿接替郭宗熙任中东铁路公司督办，并兼任统一的中东铁路护路军 总司令。8月29日，护路军总司令部在哈尔滨成立，对原有的吉林、黑龙江两省的护路军进行 改组，实行统指挥。至此，被俄国侵夺了20年的护路权，才最后回到中国军队手中。