1858年（清咸丰八年）《中俄瑷珲和约》签订后，俄国即急于取得在松花江的航行权。 当年，俄国东西伯利亚总督穆拉维约夫即率船溯松花江抵达三姓（今依兰）、呼兰等地。18 61年（清咸丰十一年），穆拉维约夫正式向清政府提出，要清政府准许俄人至黑龙江地区的 三姓等内地贸易。1863年（清同治二年），俄国要求清政府开放齐齐哈尔；1864年（清同治 三年），再次要求开放三姓。1866年（清同治五年），俄国又要求清政府准许俄人在黑龙江 、松花江流域贸易。这些要求均遭到清政府的拒绝。
　　　　1869年（清同治八年），俄国驻华公使照会清政府，指责清政府违反《中俄瑷珲和约》 ，提出俄国在中国内河松花江享有航行权。
　　　　《中俄瑷珲和约》中确有只准中俄船只通航松花江，并准互市贸易规定。但是条约中所 指松花江，并非专指松花江入黑龙江以前的上游，而是指其入黑龙江后直至海口（即今日松 花江与黑龙江汇合后的黑龙江下游，当时曾称松花江）。因此清政府在给俄国驻华公使的复 照中指出：“《中俄和约》所载松花江专指乌苏里江以东至海而言，其为松花江下游，不待 辩而自明”。自此复照以后的九年间，俄国未再提出松花江航行权问题。
　　　　自1864年（清同治三年）起，新疆陆续发生少数民族武装暴动。1870年（清同治九年） ，俄军乘机占领伊犁。1878年（清光绪四年）6月，清政府派崇厚出使俄国，谈判收回伊犁。 谈判中俄国再次提出松花江航权问题。崇厚屈从俄国的要求，于1879年（清光绪五年）12月 ，与俄方代表签订了《瑷珲专款》。规定“俄人可在松花江行船，至伯都讷（即现吉林省扶 余县），并与沿江一带地方居民贸易，或运货前往，或由该处贩运各种土特产货物亦可…… ”。对这项专款，当时清政府总理各国事务衙门未予批准，并改派曾纪泽赴彼得堡与沙俄政 府重开谈判。
　　　　1880年（清光绪六年）7月至1881年（清光绪七年）2月，中俄双方就松花江航行权问题 ，进行了十几次交涉。谈判中曾纪泽主张照《瑷珲和约》办理，废除《瑷珲专款》，俄方则 坚持执行《专款》。最后约定重申《瑷珲和约》，如何办理，另行商定。1881年（清光绪七 年）2月12日，中俄签订了《中俄改订伊犁条约》。关于松花江航行一事，第18条规定：“在 瑷珲所订条约，应准两国人民在黑龙江、松花江、乌苏里江行船，并与沿江一带地方贸易， 现在复为申明。至如何照办之处，由两国再行商定”。
　　　　1896年（清光绪二十二年）俄国取得中东路修筑权以后，双方在同年8月27日签订了《中 俄合办东省铁路合同》。其中第四款规定，中国政府对于铁路建设用的器材、粮草等物资的 水、陆转运，应“尽力相助”，“使其便捷”。依据有关条款，俄国便开辟了松花江航路。 当时仅中东路即拥有400马力拖轮15艘，钢制驳船40艘。1887年（清光绪二十三年）后，又有 俄黑龙江商船公司及其他俄商经营的汽船，擅自开辟松花江航线，把松花江航运纳入俄黑龙 江航运系统中营业，中国当时在松花江仅有木帆船航行。因此，松花江航运全部为俄国霸占 。
　　　　1900年（清光绪二十六年）“庚子事件”中，俄军占领了中国东三省，俄国更借机攫取 了松花江航行管理权。
　　　　俄国侵犯中国内河主权，中国政府在多次指责无效的情况下，决定自办松花江航运，与 俄船抗衡。1907年（清光绪三十三年）6月，中国轮船首航黑龙江，引起俄国的重视，开始就 松花江行船问题与中国方面接触。1908年（清光绪三十四年）5月，东三省总督派代表与中东 铁路局总办霍尔瓦特谈判，撤销了俄国在哈尔滨成立的水利会。在新的行船章程制定以前， 中国方面制定了《水利会暂行章程》，收回了松花江的航行管理权。
　　　　1909年（清宣统元年）1月，中国政府又收回了俄国私自在拉哈苏苏（今同江县）设立的 关卡。同年，清政府为抵制俄船独占松花江航运，在6月20日宣布对各国开放，并在哈尔滨、 三姓、拉哈苏苏设立海关。
　　　　清政府这一决定发表后，遭到俄国的反对。认为清政府违反了《瑷珲和约》，中国政府 复照反驳。双方各持已见，争论不止。后经双方协商，于1909年12月27日（清宣统元年十一 月十五日），开始在哈尔滨就松花江行船问题举行会谈，双方前后会谈27次。因俄方要求在 全松花江贸易自由，不承认有商埠和内地之分，久议不决。后来谈判改在北京举行，又经过 了两个多月的紧张谈判，双方才在1910年8月8日（清宣统二年七月初三日）签定了《松花江 行船章程》，共11条，并附有附则4条。
　　　　《松花江行船章程》的订立，宣布了松花江主权属于中国。但其中的一部分条款，对俄 有利，等于中国政府事实上承认了俄船在松花江航行的权利。
　　　　1918年，中国民族资本成立了“戊通航业公司”，开辟松、黑航运。1919年，发生了旧 俄国残余沃木斯克政府远东副司令禁止俄船售与华人的事件。1920年，又发生了俄军阻止中 国军舰自庙街驶入松花江的事件。1921年，发生了苏俄远东共和国军舰炮击华船事件。1922 年远东共和国政府曾有条件地要求会谈松花江、黑龙江行船事宜。由于双方分歧太大，最后 采取由两国地方政府签订临时协议的办法，解决了当年的航行问题。同年7月1日，中国地方 政府为了断绝苏联船只与原俄国船只非法联运，决定先断绝俄船联运，并发出布告，命令航 行于松花江的俄人船只，自布告公布之日起，一律换发新照，限定驶至松花江下游同江地方 为止，不得驶往三江口。
　　　　此时中国戊通航业公司的轮船，在黑龙江中下游航行受阻。苏方打沉、扣留中国船只的 事件时有发生，引起黑龙江省人民的愤慨，纷纷请愿，要求政府采取措施。中国地方政府派 航警处的官员，与苏俄在哈尔滨的代表交涉。中国方面提出，两国政府代表会谈以前，“俄 官如能允华船往来通行伯力、庙街等处，中国官府即准俄船航行由拉哈苏苏至哈尔滨一带之 松花江内江”，但遭到苏俄代表的拒绝。
　　　　在这种情况下，东三省地方政府不得不采取维护国家主权的措施。1924年1月26日，东三 省保安总司令张作霖，电令哈尔滨交涉署：松花江为中国内江，外国船舶均无航行之权，东 省铁路船只原为运输铁路建筑材料，铁路既经修成，理应早予收束，严禁中东铁路的船只航 行。
　　　　至此，俄船航行松花江的交涉宣告结束。1924年的《中苏解决悬案大纲协定》、《奉俄 协定》都曾提到苏联船航行至哈尔滨、华船航行至庙街一节。但双方只同意在委员会内讨论 保障双方利益的实施办法，后来并未贯彻执行。